A génese do Centro de Competências para o Tomate Indústria (CCTI) inseriu-se no programa estratégico do Ministério da Agricultura e do Mar para a criação de um conjunto de Centros de Competências, em setores considerados relevantes no panorama agro-alimentar nacional.

Assim, reuniu-se a representatividade de toda a fileira, nas vontades expressas num protocolo firmado entre a Associação dos Industriais de Tomate (AIT), a Confederação dos Agricultores de Portugal (CAP) e o Ministério da Agricultura e do Mar (MAM), servindo esse documento, posteriormente, como matriz orientadora para os estatutos do CCTI, enquanto Entidade Não Empresarial do Sistema de I&I.

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